In de 16e eeuw ontstond in navolging van Calvijn in Frankrijk een gereformeerd protestantse stroming.

De aanhangers van deze kerkelijke leer kregen de naam Hugenoten. Het is niet bekend waar deze benaming in oorsprong vandaan kwam. Het vermoeden bestaat dat deze benaming een verbastering is van Eidgenossen (eiguenots op zijn Frans). Alhoewel aan het ontstaan puur theologische ideeën ten grondslag lagen ontwikkelde zich rond 1560 onder de Hugenoten ook een politieke stroming. Het beginsel van de Reformatie valt in drie spreuken uiteen:

• Sola scriptura: alleen door de Schrift, de Bijbel tegenover de roomse kerk benadrukten de reformatoren het gezag en de aurotiteit van de Bijbel. De Rooms-katholieke Kerk heeft naast de Bijbel nog de kerkelijke traditie als gezaghebbende instantie voor leer en leven.
• Sola gratia: alleen door genade tegenover de Roomse kerk leert de Reformatie dat het behoud van zondaren slecht mogelijk is uit enkel genade. De menselijke activiteiten (goede werken) dragen niet bij aan het behoud. Weliswaar ontkent de Reformatie niet de noodzaak van goede werken maar deze verdienen de verlossing niet. De verlossing van verloren mensen is verdiend door Christus. Hij leed en stierf aan het kruis van Golgotha om het behoud te verdienen.
• Sola fide: alleen door het geloof. Tegenover de Rooms-katholieke Kerk beleed de reformatie dat slechts het ware geloof leidt tot behoud. De Roomse kerk zag het behoud en de redding onlosmakelijk verbonden met het lidmaatschap van die kerk en het gebruik van de sacramenten (doop en avondmaal). De Reformatie benadrukte het persoonlijke geloof in de Bijbel en God.

Het sola sciptura, sola gratia en sola fide is tot op de dag van vandaag de inzet van de reformatorische visie op de Bijbel.

Onder hen bevonden zich lieden uit alle lagen van de bevolking, zelfs onder de adel.

In de nacht van 23 op 24 augustus 1572 vond te Parijs de zo genoemde Bartholomeusnacht of Parijse bloedsbruiloft plaats. Met instemming van de koningin-moeder Catharina DE MEDICIS werd door de katholieke partij een bloedbad onder de Hugenoten aangericht die op dat moment in Parijs waren om daar de bruiloft te vieren van een van hun leiders, Hendrik VAN NAVARRA (de latere koning Hendrik IV), die met Magaretha (de zuster van koning Hendrik II) in het huwelijk trad.

Op 13 april 1598 vaardigde deze Hendrik IV, inmiddels koning en katholiek geworden, het Edict van Nantes uit. Dit Edict beloofde de Hugenoten godsdienstvrijheid en gaf hen een aantal pandsteden.

De Hugenoten konden zich toen in vrijheid ontwikkelen. Het werd hun toegestaan kerken te bouwen, zei het dat deze niet de naam van kerk mochten voeren en daarom ook wel "temples" genoemd werden. Voorts werd het hen toegestaan functies te bekleden in het bestuursapparaat en in het leger. Bovenal verkregen zij toestemming legers uit te rusten en garnizoenen te houden. Gaandeweg deze periode van vrijheid groeide de aanhangers van deze leer tot ongeveer 10 procent van de totale bevolking. Mede omdat het onderwijs onder deze bevolkingsgroep hun bijzondere belangstelling had kwamen er uit hun midden vele vooraanstaanden en geleerden voort.

Hun vrijheid was echter van korte duur. Al twintig jaar later, met de komst van Lodewijk XIII en Richelieu begon de beteugeling van deze pas verworven vrijheid. Richelieu maakte een einde aan de politieke machtspositie van de Hugenoten. In 1628 gelukte het hem hun de laatste van hun pandsteden (La Rochelle) te ontnemen. Dit Hugenotenbolwerk viel na een langdurig beleg waarbij veel slachtoffers vielen. De veldslagen die erop volgden werden vernietigend gewonnen door de koninklijke troepen, waarmee er een einde kwam aan de politieke- en militaire macht van de Hugenoten.

Er volgde een periode van betrekkelijke rust tot de katholieke koning Lodewijk XIV, na de dood van Mazarin in 1661 persoonlijk de regering in handen nam. Een politiek van harde maatregelen tegen de Hugenoten volgde. Deze kleinzoon van Hendrik IV werd ook wel "De Zonnekoning" genoemd. Aanvankelijk was Lodewijk niet echt religieus geinteresseerd geweest. Toen hij in 1661 de macht in handen kreeg wilde hij echter kennelijk geschiedenis maken als de vorst die van Frankrijk weer een katholiek land maakte. Stukje bij beetje werden er maatregelen uitgevaardigd die het Edict van Nantes steeds verder aantastte.

Uiteindelijk werd op 18 oktober 1685 het Edict van Nantes herroepen. Dit had als gevolg dat de positie van de Hugenoten onmogelijk werd en hun kerken vernietigd werden. Zij die openbare functies bekleedden werden uit hun ambt gezet, ambachtslieden werden uit de gilden verstoten, protestantse scholen werden aan katholieken overgedragen of kortweg opgeheven. Er werden met terugwerkende kracht zware belastingen opgelegd die men kon voorkomen door het gereformeerde geloof schriftelijk af te zweren en terug te keren tot de katholieke kerk.

Velen kozen eieren voor hun geld maar degenen die zich niet lieten "bekeren" kregen verdergaande terreur te verduren. Ter overtuiging werden cavaleristen en soldaten over het land uitgezonden voor de zogenaamde "missie met de laars" (mission bottée). Bij halsstarrige Hugenoten werden op koninklijk gezag dragonders ingekwartierd, zogenaamd ter bescherming tegen katholieke geweldplegers. Voor niets ging echter de zon op. Degenen die deze "bescherming" genoten dienden de ingekwartierde soldaten in hun levensonderhoud te voorzien en bovendien een dagvergoeding te verstrekken. Naarmate er meer kapitaal of goederen aanwezig waren werden er meer soldaten ingekwartierd zodat in korte tijd het vermogen van het slachtoffer als sneeuw voor de zon verdwenen was. Kon iemand zijn verplichtingen uiteindelijk niet meer nakomen dan werd de vordering voldaan door het huisraad van de gastheer te verkopen.

Zij die niet tot het katholieke geloof terugkeerden waren zo uiteindelijk gedwongen huis en haard te verlaten en naar het buitenland uit te wijken. Deze uittocht had al ongeveer 20 jaar voor de herroeping van het Edict van Nantes een aanvang genomen. Vooral landen als Zwitserland, Engeland, Nederland, Duitsland (Brandenburg) en Kaap de Goede Hoop werden hun bestemming. In die landen hebben zij, mede door hun doorgaans hoge scholing en ontwikkeling, een bijdrage in cultureel en economisch opzicht geleverd.

Rond 1550 waren er in de Zuidelijke Nederlanden Waalse kerkelijke gemeenten ontstaan, die rond 1560 ook in synode bijeen kwamen. Zij verenigden zich in 1571 aanvankelijk met de Nederduitse gemeenten. In 1577 kwamen zij echter, nadat zij zich afzonderlijk hadden georganiseerd, in Dordrecht in synode bijeen. Vooral na de herroeping van het Edict van Nantes, in 1685, ontwikkelden de Waalse (Franstalige) gemeenten zich sterk door de toestroom van gevluchte Hugenoten of refugiés, zoals ze ook wel genoemd werden.